第1306章族
第1306章族
“教授,我将会把这个研究当做一个长期课题来研究,你看合适不?”张林为自己的研究取得突破而兴奋。
杨平鼓励他:“只要你认为是正确的,没有弄虚作假,踏踏实实去研究,即使最后没有结果也不是问题。”
离开张林的实验室,杨平回到自己办公室休息。
电子屏分别显示着不同的数据:左侧是陆小路团队最新解析的胰腺癌panc-id1复合体在细胞膜上的原位高分辨率结构,中间是凯瑟琳·米勒提供的pac-fus1融合蛋白肿瘤的冷冻电镜断层扫描图像,右侧则是刚刚从骨科肿瘤研究室传来的骨肉瘤特异性表面抗原的三维预测模型。
杨平已经在这三组数据前坐了四个小时。
茶杯早已凉透,他却浑然不觉,手指在触控板上缓慢滑动,将三个结构图分别旋转、放大、叠加。
过去几个月,k疗法的全球推广按计划推进,疫苗增强子技术也悄然被各个跨国医药集团缴纳专利费。现在杨平的全部注意放在癌细胞身份锁的本质上。
为什么panc-id1是大多数胰腺癌的共性标志?
为什么pac-fus1融合蛋白会取代panc-id1成为另一类胰腺癌的身份标识?
为什么骨肉瘤表面会存在一个同样具有高度特异性的蛋白复合物?
这些问题像幽灵般萦绕在他脑海深处。
下午四点多。
杨平突然做了一个奇怪的操作,他关掉了所有颜色渲染,将三个结构模型全部转换为纯灰色的电子密度云图,去掉色彩对视觉的干扰,只剩下最本质的形状。
然后,他将三个模型调整到近似的大小比例,并列排列。
那一刻他屏住呼吸。
尽管序列同源性很低,尽管组成亚基数不同,尽管在细胞膜上的定位有差异,但三个结构的核心区域,呈现出一种惊人的拓扑相似性。
那是一种多层次、不对称的螺旋-环-螺旋叠加架构,像一种古老的密码锁具,核心是一个由疏水氨基酸形成的、高度有序的口袋或沟槽。在三者中,这个核心区域的形状、电荷分布模式、甚至某些关键氢键供体/受体的空间排布,都有着难以忽视的共性。
杨平快速调出三者的生化特性数据。panc-id1的核心口袋已被证实能与特定的内源性脂类分子结合,这种结合会轻微改变复合物构象,影响下游信号。pac-fus1的核心区域虽然融合了外源序列,但分子动力学模拟显示,它保留了结合类似脂类分子的能力,只是亲和力改变。而骨肉瘤靶点的预测模型中,那个对应的区域也有着高度疏水的特征。
“不是巧合……”杨平低声自语,手指微微发颤。
他顺手抽出一张a4纸,用铅笔在上面开始写写画画。
肿瘤身份锁族系假说:
panc-id1(胰腺癌)、pac-fus1变体(特定胰腺癌亚型)、os-id1(骨肉瘤)的表面抗原复合物,在三级/四级结构上共享一种独特的“拓扑折叠模式”,中心为一个进化上保守的疏水性结合口袋。
这三种看似不同的肿瘤表面标志物,可能属于同一个功能超家族。它们并非完全独立的发明,而是基于某个古老的细胞表面识别模件,可能源于胚胎发育、组织修复或细胞通讯,在肿瘤发生过程中被异常招募、修饰或固定表达。
该模件的核心功能或许不是致癌本身,而是提供一种身份认证接口。正常生理状态下,它可能参与有限的、受严格调控的细胞间识别,如特定干细胞龛、组织边界维持。癌细胞劫持了这一接口,将其变为维持自身生存社群或逃避免疫监视的身份锁。
如果此类“身份锁”是一个族系,那么理论上,应该存在对应的“钥匙”族系k因子系列,以前在骨肉瘤上发现的k因子及与之对应的靶点是一个完美的钥匙——锁的组合。
如果假定这些身份锁是一个家族系列,那么k因子也应该有家族系列,如果能够解开这些系列内在规律,我们可以逆向设计的k因子来打开锁。
不同的肿瘤类型,甚至同一肿瘤的不同亚型,可能选用了该族系中不同的结构变体为锁具。而现在研究的关键在于绘制完整的“锁具”族谱;找到或设计能打开特定锁的“钥匙”。
写完这些,杨平靠在椅背上,闭上眼睛。脑海中的图像却更加清晰:不是一个靶点,不是一个疗法,而是一个完整的、隐藏的识别系统,一套被癌细胞隐藏的身份语言,一个完整没有被发现的理论。
这不再是发现一个新靶点那么简单,这是在试图破译癌症的某个全新的机制。
宋子墨、唐顺和陆小路敲了很久的门,杨平没有反应,等杨平从思考中回过神来,想起隐隐约约的敲门声,他打开办公室的门。
大家见到安然无恙的杨平才松一口气,他们知道教授经常会闭目养神沉浸在思考中,但是有时候还是不免会有些担心。
“我需要所有能找到的、不同类型的实体瘤的表面抗原复合物高分辨率结构数据,尤其是那些具有肿瘤类型特异性的。”杨平直接蹦出一句。
宋子墨愣了一下:“教授,您是说所有类型?这数据量和对齐分析的工作量……”
“我知道,非常巨大。”杨平打断他,他将自己的a4纸草稿推到宋子墨面前,“但我怀疑我们撞到了什么东西的边界,不是一个点,而是一个面,甚至一个体系。”
办公室安静下来,唐顺盯着那a4纸,呼吸逐渐加快,他比任何人都清楚,这种拓扑结构的相似性如果成立且具有普遍性,意味着什么。
而且,三人都明白,每次教授出手a4纸草稿的时候意味着什么。
“这……这像是发现了蛋白质结构世界里的一个‘暗物质家族’。”陆小路喃喃道,“表面序列千差万别,但核心折叠和功能口袋被保留了下来,如果不是放在一起、用这种方式看,绝对发现不了。”
“所以我们需要更多证据。”杨平转向宋子墨,“联系全世界所有能联系的医院与研究机构,特别是那些拥有独特肿瘤细胞系或类器官库的,请求他们提供表面蛋白组学数据和尽可能多的结构信息。”
“我马上联系安德森的凯瑟琳博士那边?”格里芬说。
“她的pac-fus1样本非常重要,我们需要更多,我们还需要其他更多的样本,我刚说的所有的样本,越多越好,一个安德森远远不够,我们需要更多的支持者。”杨平的语气平淡却不容置疑。 格里芬医生立即问道:“教授,从临床角度看,如果这个‘族系’假说成立,会改变什么?”
杨平转过身,在白板上画了一个大树状的图:“想象这是一棵肿瘤身份锁的进化树,树根可能是那个古老的细胞识别模件。不同的树干分支代表不同的肿瘤大类,如上皮来源、间叶来源。更细的分枝代表亚型、甚至个体患者的变异。”
他指着树的不同位置:“传统靶向治疗,就像试图砍掉某一根细枝,如egfr突变,但树还会从别处发芽。免疫检查点抑制剂,像是给整棵树喷除草剂,但可能伤及土壤——自身免疫,而我们的k疗法……”
他停顿了一下,在树的几个关键分枝上画了圈:“如果k因子是钥匙,那么每一把特定的钥匙,理论上可以打开对应分枝上的锁。但如果我们能理解整个锁具系统的构造原理、进化规律和核心弱点……”
他用力在树的主干和几个关键连接点上打了叉:“我们也许能设计出能破坏主干连接点的万能钥匙,或者能诱导整个识别系统崩溃的干扰码,那就不再是逐个击破,而是动摇其根基,即使做不到这一点,我们也能用一串钥匙去打开所有枝干的锁。”
实验室一片寂静,这个目标太大,大到有些骇人。
接下来,实验室进入了前所未有的高速运转模式,三博研究所的号召力非常惊人。大量的数据从全球各地涌来:乳腺癌的her2相关复合物新构象、胶质母细胞瘤的特异性膜蛋白簇、结肠癌的独特糖基化表面抗原结构……
实验团队利用冷冻电镜和超算资源开发了新的结构比对算法,能够忽略序列差异,直接搜索拓扑相似性。结果令人震撼:在超过六十种具有明确类型特异性的实体瘤表面标志物结构中,超过百分之七十显示出与panc-id1核心折叠不同程度的相似性!相似度最高的集中在发育起源相近的肿瘤中,但即使起源迥异的肿瘤之间,也找到了微妙的、却绝非偶然的结构呼应。
更关键的是,在几个案例中,他们发现了这些“锁具”与肿瘤恶性程度、转移倾向的相关性。某种“锁具”的构象变体,似乎与癌细胞获得侵袭能力、抵抗凋亡或塑造免疫抑制微环境直接相关。
杨平把自己关在办公室里的时间越来越长,他要利用系统空间实验室获取资源的即时性和海量的时间优势,对这些肿瘤细胞的某种隐藏规律进行全面的研究。