复合酶制剂是以1种或几种单一酶制剂为主体，加上其他单一酶制剂混合而成。可同时降解饲料中多种养分和抗营养因子。由于多种酶混合使用可产生更强的药效，因此大多数酶制剂都是复合酶，包括：1以蛋白酶和淀粉酶为主的复合酶，主要用于补充畜禽内源酶的不足。2以β⁃葡聚糖酶为主的复合酶，主要用于谷实饲料日粮。3以纤维素酶、果胶酶为主的复合酶，能消除植物性饲料中多种抗营养因子。4以纤维素酶、蛋白酶、淀粉酶、糖化酶、葡聚糖酶、果胶酶为主的复合酶。