微生态制剂含有一些活的微生物，不良的保存方法会造成微生物数量的减少，导致微生态制剂活性降低或失活。未开封使用的微生态制剂应保存在干燥、凉暗的地方，适宜的保存温度为5c～15c；未用完的微生态制剂应存放在干燥、凉暗的环境中，同时要特别注意密封，因为氧气可能导致微生态制剂中的厌氧菌死亡。微生态制剂不论开启与否，均不宜长时间存放，存放时间越长，活菌数目越少，其功效越差或完全失去效力。