（一）菌种的来源

开发微生态制剂，首先要筛选1株或几株优良菌种。在微生物种群中，可用作微生态制剂的菌种很多。美国食品与药物管理局规定了40多种菌种可以作为微生态制剂的出发菌株。我国批准的可作为饲料添加剂的菌种有：干酪乳杆菌、植物乳杆菌、粪链球菌、乳酸片球菌、枯草芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、嗜酸乳杆菌、乳链球菌、啤酒酵母、产朊假丝酵母、沼泽红假单胞菌、地衣芽孢杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸肠球菌和戊糖片球菌等。这些菌种的生理特性均已被深入研究，并在实际应用中表现出良好的生产性能。

目前，微生态制剂的菌种来源一般有3种方式：1从动物肠道中分离并纯化后获得的益生菌，对其进行鉴定后按照常规发酵方式进行培养加工；2直接从市售的益生菌制品中（乳酸饮料等）进行益生菌分离鉴定，挑选所需要的益生菌进行扩大培养；3从菌种保藏中心或相关企业购买菌种进行培养。

选育菌种时，应特别注意以下3个方面。首先菌株能否产生孢子，细菌的孢子是细菌的特殊结构，具有较强的抵御外界不良环境的能力，容易加工，具有耐贮存的优点。其次，菌株最好来自该动物的正常菌群（即土著菌群），许多细菌具有宿主特异性，动物机体对外界入侵的非共生微生物具有排斥反应，只有土著菌才能最大限度地发挥其益生作用，进入动物体内较易存活，并能与致病菌进行拮抗。最后，菌株是否具有产酸能力，产酸的细菌能在其生长部位造成一个酸性环境，既可抑制病原菌的生长，又有利于动物机体对营养物质的消化吸收，提高饲料转化率。

虽然也有很多微生物如芽孢杆菌等非土著菌群，其共生作用与正常菌群有所不同，但它们更多的消耗肠内氧气，造成不利于致病菌生存的环境，还产生酶和维生素等代谢产物，起到促进动物生长的作用，故也常被用作微生态制剂的出发菌株。目前，还有许多优秀的菌种尚未得到开发利用，如拟杆菌、优杆菌、消化球菌等。