阿号计划
自联合舰队司令部的主要干部在从帛琉向菲律宾转移途中殉职（见后述）之后，直到5月初任命新司令长官丰田副武大将以前，临时由苏腊巴亚的西南方面舰队司令长官高须四郎中将担任联合舰队的指挥。
这时，在马里亚纳、加罗林方面，第1航空舰队正在一心努力完成作战准备。而中部太平洋舰队正在指挥第4舰队、第14航空舰队（以第22、第26航空战队为基干）及陆军31军加强中部太平洋方面的防备。澳北方面的防务，由西南方面舰队承担。3月1日编成的第1机动舰队的主力在新加坡及林加方面，其部分兵力正在国内努力训练和准备下一步作战。
另方面，看来敌军正在迅速加强美基罗等前进根据地，由此判断，敌军企图在不久的将来要发动大规模的攻势。在这种情况下，日本海军首先要解决的问题是：歼灭敌军反攻的核心、以航空母舰为基干的敌机动部队，为此，早就在窥伺有利的时机。
大本营海军部早在3月份就起草了一个设想在敌军来攻之前，在前进根据地美基罗先发制人地奇袭敌机动部队主力的“雄”作战计划，已在与联合舰队司令部联系。它的要点是，以我第1机动舰队及基地航空部队的大部分飞机约1千架和潜艇部队，于5月上旬或中旬，由国内的东面出击，主要是由小笠原、南鸟岛及威克岛方面向美基罗进攻。但这项计划由于3月末联合舰队首脑部遇难，不得不停止实行。
5月初御前图上模拟演习时，军令部总长说明的敌情判断大致如下：
敌军对日的主要作战，是由太平洋中部及东南方面向菲律宾的进攻战。敌军可能企图通过这次进攻战，突破我防御线，诱歼我舰队；并进一步策划以中国本土为根据地，直接空袭我国本土，切断我国本土与南方资源地区之间的交通要道，借此断绝我战斗力来源，夺回南方重要地区。
为此，敌军将密切从太平洋中部方面进行的进攻战与从东南方面进行的进攻战这两方面的联系。从所罗门方面开始进攻的哈尔泽麾下的南太平洋作战部队，己与从澳洲、新几内亚方面进攻的麦克阿瑟麾下的军队汇合。在最近的查亚普拉进攻战中，斯普尔安斯麾下的太平洋中部作战部队似乎也参加了。
随着敌军在新几内亚北岸扩充地盘，我方在特鲁克、美列温、帛琉等地的空军基地就成了敌军补给上的障碍。因此敌军加紧以大型飞机进行连续攻击或反复以机动部队进行空袭，企图进行一场攻占这些要地或使这些地区陷于瘫痪的作战。
当战线指向菲律宾时，估计敌军将不借付出一些牺牲也要夺取攻防上最重要的作战地区西加罗林，特别是帛琉与雅浦。因此，3月末敌机动部队对该地区进行的空袭，在企图攻击我舰队的同时，也可能有强行侦察的意思。
敌军对马里亚纳及小笠原南部地区的作战，可能是企图以切断我马绍尔、东加罗林方面的补给路线或直接空袭日本本土乃至诱歼我舰队为目的。但攻占这两个地区，要付出很大牺牲，而且攻占以后又不易固守，因此可能企图在首先削弱我基地航空兵力之后，再行进攻。
敌军为了配合完成上述主要作战，或乘主要作战的间隙，对东北、印度洋、澳北等方面进行辅助作战。
此外，在进行以上各项作战的同时，敌军将愈益加强以潜艇和飞机进行的交通破坏战；还可能企图进行由中国或前进基地出动的空袭战和以机动部队进行的直接空袭日本本土的作战。
大本营尤其是海军部认为，现在日本海军因过去的消耗战，战斗力逐步下降，造成敌我战斗力相差悬殊。在这种情况下，想阻止敌军反击、一举打开战局的唯一办法是，迅速整备并集中使用决战兵力，寻求与敌进攻部队进行一次大决战，特别是歼灭敌机动部队。自4月上旬以来，同陆军合作，着手准备研究这一计划。
陆海军两统帅部于4月末制定出这一计划，于5月2日上午9点半开始，约经两个半小时，在宫中大本营，在大元帅陛下亲临之下，进行了御前研究。岛田、东条两总长为统裁官，主要负责向天皇说明。出席人员有两次长、两作战部长及两作战科长。其他两作战科的主管人员在旁等候。两总长向天皇说明之后，后宫参谋次长向海军部质问下列事项：
一、敌军如果企图在5月下旬以前或以后，攻占比阿岛方面或美列温方面时，是否进行决战？
二、敌军向马里亚纳、西加罗林、新几内亚三个正面全面进攻时，如何指导决战？
三、为了进行主要决战，海军方面对于陆军的作战特别要求的事项是什么？
接着伊藤军令部次长向陆军部质问下列事项：
一、按照本作战指导方针作战时，对特鲁克、马里亚纳、萨雷腊湾、乌头半岛等地区的地面防务的自信程度如何？
二、在进行这次决战期间，在缅甸、安达曼、尼科巴及千岛等方面的地面防务的自信程度如何？
三、陆军航空兵力的运用和直接编入海军指挥下进行作战的航空兵力的实力如何？
四、对迅速加强主要作战的正面太平洋中部、菲律宾岛、澳北方面的防务，尤其对航空作战准备的估计如何？
在上述质问和回答中，对参谋次长质问的第一项，海军方面回答说：“即使敌军来攻比阿、美列温方面，也不进行决战”；对军令部次长质问的第一项，陆军方面回答的大意是“确保马里亚纳有信心。对特鲁克诸岛至少能做到不使为敌军所利用。对确保新几内亚西部，如今没有信心”。这些都是对以后有影响的具有重大意义的回答。
5月3日，大本营以大海指第373号向新联合舰队司令长官丰田副武大将下达“联合舰队应遵循的当前作战方针”即关于“阿”号作战的命令。其内容如下：
第一、集中我大部分决战兵力，准备在敌军主要反攻的正面，一举歼灭敌舰队，以挫败敌军的反攻企图。为此：
一、迅速整备我决战兵力，大致在5月下旬以后，在从太平洋中部方面至菲律宾及澳北方面的海域，捕捉敌舰队主力，以图歼灭之。
二、在整备上述决战兵力以前，除了特定场合外，以避免决战为宗旨。
第二、决战海面的作战要领如下：
一、5月下旬，待第1机动舰队和第1航空舰队的兵力得到整备之后，命令第1机动舰队在菲律宾的中南方面待命；令第1航空舰队在太平洋中部、菲律宾及澳北方面展开，以保持适应决战的态势，并乘有利时机，特别是恰当地运用上述两个舰队，全力以赴地去捕捉并歼灭敌军主力。
二、决战海面尽可能选定在接近我机动部队待命的地点。
第三、在我决战兵力整备之前，敌军来攻时，按照下列原则进行作战：
一、除了确保特定据点和特别有利的情况之外，避免以海上兵力进行决战，而主要以基地航空兵力与局部地区的防卫兵力，迎击并歼灭敌军。关于特定地点另作指示。
二、在这种情况下，关于基地航空兵力的使用，要洞察全面战局的演变，除了特别有利于今后决战确有把握的场合外，尽力防止消耗过多的兵力，以不影响下一步海上决战为宗旨。
第四、决战期间其他方面的作战，按照下列原则进行：
一、陆海军紧密合作，大致以所在的兵力，反击来攻之敌，并尽可能遵照既定方针，确保所规定的重要地区。
二、努力进行奇袭性作战，以求挫败敌军进攻的气势。
第五、关于决战准备，应特别注意下列事项：
一、进行陆海军一体的作战准备，以大体上在5月下旬完成为目标，促进自太平洋中部至菲律宾及澳北方面的地区，尤其是西加罗林诸岛、菲律宾中南部、哈马黑拉及新几内亚西部方面的作战准备。同时加强这些重要地区的防务，争取尽快确立我在决战海面上的有利战略态势。
二、优先进行航空作战准备，努力建设基地和集聚加强防卫必需的燃料和弹药。特别重视空军基地的坚固性。
三、航空基地虽已规定区别使用，但应灵活运用，要做到最有利于陆海军部队结成一体进行航空作战。同时，在防卫与集聚燃料、弹药方面，两军也应同心协力实行之。
第六、按照本作战方针进行的作战，称为“阿”号作战。
在上述指示中指出，决战的海面为自太平洋中部方面至菲律宾及澳北的海面。但通过作战准备那项的内容也可以看出，大本营海军部所判断并期待的是，决战将在帛琉近海发生。
这固然是根据敌情判断来的，但也相当受到当时能够分配给我机动部队的油船数量的影响。就是说，当时的油船情况大大地限制了我机动部队的行动能力，其行动半径限于约1000海里以内。这一事实就意味着，即使我机动部队的待命地点，推进到最前面的菲律宾中南部，也很难将这支部队用于马里亚纳方面的决战上。而这种情况必然使大本营海军部期望将决战海面尽可能选定在接近我机动部队的待命地点方面，即帛琉的近海，并为此而努力。
大本营的这种判断与期望，也强烈影响了联合舰队，这是后来美军进攻马里亚纳时，致使联合舰队迟迟没有作出发动“阿”号作战决心的主要原因之一。
再者，当制定“阿”号作战计划时的问题之一是，如何处理本作战的右翼中心的澳北方面，即，当敌军不在加罗林、马里亚纳登陆，而先在澳北方面登陆时怎么办的问题。实际上在下达本计划的前一天，5月2日，大本营陆军部在取得海军谅解之下，把比阿岛排除于第2方面军应当确保的要线之外。通过这一事实也可以了解，当时海军部的意图是，敌军假如不先进攻马里亚纳、加罗林，而先进攻比阿岛方面时，不想为了确保比阿岛进行决战。
当时我海军的实力是，即使只在马里亚纳、加罗林方面进行决战，也未必充裕。因此，大本营海军部认为，分散这股本来就不充裕的兵力的一部分，用于比阿岛方面，对在帛琉以北进行决战极为不利。所以，在最坏的情况下，宁肯忍痛失掉萨雷腊湾附近，也希望避免分散兵力。海军部正是以这种方针，制定了“阿”号作战计划的。
如前所述，第1航空舰队是大本营于昭和18年（1943年）7月以来，作为将来海上决战中基地空军的主要兵力着手组织的部队。大本营特别注意整备该舰队，对司令长官角田觉治海军中将以下的幕僚指挥官及骨干搭乘人员，配备以能征善战的人才，而且在器械方面也尽量供给新的器材。
该舰队最初预定训练整备期间约为一年，后因敌军的反攻比预料开始得早，便在昭和19年（1944年）2月中旬以后，逐次奉命进驻内南洋方面，协助联合舰队作战。3月15日被编入联合舰队。
其编制是逐步扩大的。5月1日当时该舰队属下有第61航空战队（10个航空队约670架飞机）及第62航空战队（10个航空队约670架飞机），其中第62航空战队训练尚不成熟。因此，大本营于5月5日，从该舰队的编制中撤消第62航空战队，留在国内，另将训练有素的第13及第14航空舰队所属的航空部队，编入该舰队，以加强战斗力，便于进行“阿”号作战。结果从那以后，第14航空舰队实际上便没有航空兵力了。
在发动“阿”号作战之前的6月5日，第1航空舰队的编制及定额大体如下：